Wie häufig Selbständige und Gewerbetreibende statistisch gesehen mit einer Betriebsprüfung rechnen müssen, hängt von der Größe des Unternehmens, der wirtschaftlichen Zuordnung und der Art des Betriebs ab. Das Finanzamt unterscheidet zwischen Groß-, Mittel-, Klein- und Kleinstbetrieben. Hier gilt die Faustregel: Je größer das Unternehmen ist, desto häufiger wird es einer Außenprüfung unterzogen. Während Großbetriebe in aller Regel durchgehend und lückenlos über sämtliche Besteuerungszeiträume geprüft werden, müssen Klein- und Kleinstbetriebe eher selten mit einer Prüfung rechnen.

Viele Betriebe sind jahrzehntelang gar keiner Betriebsprüfung ausgesetzt. Bei ihnen werden Betriebsprüfungen häufig anlassbezogen angeordnet (z.B. bei Unstimmigkeiten in den Gewinnermittlungen). Zudem kann man als Klein- oder Kleinstunternehmer in den Fokus des Finanzamts geraten, wenn man einer bestimmten Branche angehört, die schwerpunktmäßig geprüft wird, wenn Kontrollmitteilungen aus einer Betriebsprüfung eines Geschäftspartners eingegangen sind oder (anonyme) Anzeigen vorliegen.

Der Bundesfinanzhof (BFH) hat entschieden, dass ein Freiberufler nach einer ersten Betriebsprüfung und einer zweiten Anschlussprüfung lückenlos auch einer dritten Aschlussprüfung unterzogen werden darf. Der betroffene Freiberufler hatte seine fortwährende „Durchleuchtung“ als unverhältnismäßig angesehen. Laut BFH sind Außenprüfungen in den Grenzen des Verhältnismäßigkeitsprinzips und des Willkürverbots jedoch grundsätzlich unbeschränkt zulässig. Demnach ist es nicht geboten, Außenprüfungen nur in einem bestimmten Turnus oder mit zeitlichen Abständen durchzuführen. Allerdings ist im Einzelfall zu prüfen, ob das Finanzamt bei der Anordnung der dritten Anschlussprüfung sein Ermessen fehlerfrei ausgeübt hat.